Năm Vĩnh Lạc thứ 5 (1407), Từ Huy Tổ qua đời khi chỉ 40 tuổi, đối với việc này thì nhiều nguồn nhận định ông bị Chu Đệ ban chết[8][9][10]. Vì nhà Minh thiện đãi nhà họ Từ, ["Trung Sơn vương không thể vô tự"], cho nên con của Huy Tổ là Từ Khâm kế thừa tước Ngụy Quốc công[11].

Không rõ chuyện này và lời đồn tác động ra sao, nhưng vào tháng 7 ÂL cùng năm, Từ Hoàng hậu bệnh nặng. Trước khi lâm chung, bà khuyên bảo Chu Đệ yêu quý bá tánh, tìm kiếm hiền tài, đối Tôn Thất nên lấy ân lễ mà đãi, không cần kiêu dưỡng ngoại thích. Lại báo cho Hoàng thái tử Chu Cao Sí rằng: ["Khi xưa các bá tánh thê nhi cùng ta tử thủ Bắc Bình. Ta hối tiếc chưa từng được cùng Hoàng thượng bắc tuần, nếu có thể con hãy thay ta chăm sóc cho họ"]. Thế rồi vào ngày 4 tháng 7 (âm lịch) năm ấy, Từ Hoàng hậu qua đời, hưởng dương 46 tuổi. Chu Đệ cực kì bi thống, sai Linh Cốc tự và Thiên Hi tự vì bà mà làm đại lễ ăn chay cầu siêu, mệnh Quang lộc tự chuẩn bị tế điện vật phẩm. Ngày 14 tháng 10 (âm lịch) cùng năm, Chu Đệ quyết định thụy hiệu cho Đại Hành Hoàng hậu Từ thị là [Nhân Hiếu Hoàng hậu; 仁孝皇后][12][13].

Năm Vĩnh Lạc thứ 7 (1409), Chu Đệ bắc tuần, có ý quyết dời đô. Cũng tại đây, Chu Đệ quyết định núi Thiên Thọ Sơn thuộc chọn huyện Xương Bình làm lăng khu cấm địa, dự định xây lăng mộ và táng Nhân Hiếu Hoàng hậu tại đây. Năm thứ 11 (1413), địa cung hoàn thành, kim quan của Nhân Hiếu Hoàng hậu được chuyển từ Nam Kinh đến Bắc Kinh để đưa vào an táng, tức Trường lăng (長陵). Bà là người đầu tiên được táng trong Minh thập tam lăng (明十三陵)[14]. Sau khi Chu Cao Sí lên ngôi, tức Minh Nhân Tông, thụy hiệu của bà được dâng là Nhân Hiếu Từ Ý Thành Minh Trang Hiến Phối Thiên Tề Thánh Văn Hoàng hậu (仁孝慈懿誠明庄獻配天齊聖文皇后). Phối hưởng Thái miếu.

Sau khi Nhân Hiếu Văn Hoàng hậu qua đời, có truyền thuyết nổi tiếng về việc Chu Đệ muốn cưới em gái út của bà làm vợ kế. Người em gái ấy, chính sử không lưu lại tên, nhưng dân gian chế ra cái tên gọi là [Từ Diệu Cẩm]. Sau khi bà qua đời, Chu Đệ chỉ sủng ái hai phi tần có tiếng, là Chiêu Hiến Quý phi Vương thị cùng Cung Hiến Hiền phi Quyền thị; riêng Vương thị là do làm theo sự cung kiệm của Nhân Hiếu Văn Hoàng hậu nên mới được Chu Đệ ưa thích[15].